Bonjour,
Étant moi aussi flûtiste à la base, je me permets de partager mon expérience. Mon parcours est cependant un peu différent : je n'ai pas fait le conservatoire, et je me suis essayé au hautbois. Je suis arrivé à la viole de gambe de façon assez naturelle : j'aimais bien jouer le répertoire baroque à la flûte, mais on m'a rapidement imposé le répertoire fin XIXe que je qualifie pudiquement de "répertoire petits oiseaux" qui ne m'intéressait pas du tout d'un point de vue musical. Arrivé au hautbois, je n'ai pour ainsi dire fait que du baroque, et j'étais positivement ravi. Après quelques années, j'ai souhaité passer à radicalement autre chose : un instrument de basse, mais rester dans la musique ancienne. J'ai un peu hésité avec le violoncelle, plus simple de trouver des profs, mais je me suis finalement tourné vers la viole craignant d'une part d'être à nouveau cantonné au XIXe siècle sur un violoncelle, et aimant vraiment le répertoire de la viole.
Je ne vais pas nier qu'au début, il y a de sacrées frustrations. Il faut s'habituer à l'archet, il faut s'habituer à la main gauche et au démanché. A la flûte, tu as tes deux mains pour faire les notes, et le souffle, ce qui permet d'aller vite sur un certain type de traits (notes conjointes, certains intervalles, certaines notes en pédale) ; à la viole, tu n'as qu'une main pour les notes, et l'archet, ce qui pose de grosses difficultés sur des traits qui peuvent sembler simple à un flûtiste en première lecture : il faut donc désapprendre ce qui est simple et complexe. Dans le même ordre d'idée, avec ton expérience de la musique, tu dois avoir une notion de comment ça doit sonner, et tu sais le faire "instinctivement" avec ta flûte ; avec la viole, tu n'auras pas cet instinct, cela cause pas mal de frustrations.
Ceci dit, ton expérience de la musique te permettra d'aller directement à l'essentiel, et de te concentrer très rapidement sur une technique éclairée par la musicalité, sans se préoccuper du solfège : l'apprentissage devrait donc être rapide, et le répertoire de la viole est suffisamment riche pour trouver à se faire plaisir même sur des choses pouvant sembler simplistes. De plus, j'ajouterai que, pour moi, apprendre quelque chose de complètement nouveau a toujours été un plaisir.
Je ne saurai pas te guider quant à ton projet professionnel, étant moi même un amateur. Je donne tout de même quelques concerts par an avec un petit groupe, à notre niveau raisonnable. Je connais tout de même au moins deux profs de viole de gambe qui sont également flûtistes (à bec) donc il ne me semble pas inconcevable de s'accomplir sur un second instrument. Peut être si tu trouvais un ou une prof avec une expérience de flûte, cela simplifierait le contact, et te permettrait d'avoir un apprentissage plus adapté à ton passé ?
Pour conclure, j'ai quand même l'impression que tu es très mordue, et que tu souhaites vraiment te lancer. Pourquoi ne pas essayer ? Peut être sans grandes ambitions pour commencer, simplement pour tester l'instrument, tes sensations, la difficulté de l'apprentissage. Cela te permettra d'y voir plus clair